Die Geschichte des Klosters in Paradyż begann am 29. Januar 1230, als Mikołaj Bronisz, Woiwode von Großpolen, neun Dörfer und die Siedlung Gościkowo am Fluss Paklica dem Zisterzienserorden der Abtei Brandenburg in Lehnin schenkte. Sechs Jahre später kamen die Mönche in die Gegend und gaben der Siedlung den Namen "Paradisus Matris Dei" (Paradies der Mutter Gottes). Sie errichteten hölzerne Gebäude, darunter eine Kapelle, und um 1250 begannen sie mit dem Bau einer Ziegelkirche, die 1288 fertiggestellt wurde. Die im gotischen Stil erbaute Kirche wurde 1397 geweiht.
In den folgenden Jahren wurde das Kloster zu einem wichtigen Zentrum des intellektuellen Lebens. Viele Gelehrte waren damit verbunden, darunter der bekannteste Jakob von Paradyż, später Professor an der Akademie von Krakau. Die Lage des Klosters an der westlichen Grenze des Landes bedeutete auch eine große politische Bedeutung. Es trug auch zur Stärkung des polnischen Charakters dieser Länder bei. Die Stellung des Klosters spiegelte sich auch in seiner wirtschaftlichen Entwicklung wider. Anfang des 16. Jahrhunderts umfasste das Paradyż-Anwesen über 29.000 Hektar Land, 4.000 Hektar Wald und 21 Dörfer.
Die Entwicklung des Klosters wurde durch den Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) unterbrochen, während dem es von den brandenburgischen und schwedischen Armeen geplündert wurde. Die Zerstörung wurde durch ein Feuer vervollständigt, das am 10. April 1633 ausbrach und sich auf die Klostergebäude und die Kirche ausbreitete. König Ladislaus Vasa, der über seinen Lehrer, Abt Marek Łętowski, mit Paradyż verbunden war, trug zum Wiederaufbau des Klosters bei. Im Jahr 1722 zerstörte ein weiteres Feuer einen Großteil der Gebäude. Die Kirche wurde im spätbarocken Stil wiederaufgebaut.
Nach der zweiten Teilung Polens befand sich Paradyż innerhalb der Grenzen des preußischen Staates, dessen Behörden 1796 das Eigentum des Klosters konfiszierten und die Abtei 1834 auflösten. Zwischen 1836 und 1926 dienten die Gebäude als Königliches Katholisches Lehrerseminar. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das Gelände an die katholische Kirche übertragen. Heute ist es Sitz des Priesterseminars Zielona Góra und Gorzów sowie des Heiligtums Unserer Lieben Frau der Beschützerin der priesterlichen Berufungen.